El desarrollo de la competición quedaría de la siguiente manera:
- Temporada regular: Ocho grupos de cuatro equipos. Se clasifican los dos primeros.
- Last16: Cuatro grupos de cuatro equipos. Se clasifican los dos primeros.
- Cuartos de final: Ida y vuelta.
- Semifinales: Ida y vuelta.
- Final: partido único.
Los 32 equipos que participarán en la Eurocup 2012-13 serán los siguientes: Artland Dragons Quakenbrueck, Azovmash Mariupol (Wild Card), Banco Di Sardegna Sassari, Banvit BK Bandirma, Belgacom Spirou Charleroi, Cholet Basket, Crvena Zvezda Diva Belgrade, EiffelTowers Den Bosch, Galatasaray Medical Park Istanbul, Gescrap Bizkaia, Hapoel Migdal Jerusalem, KK Buducnost VOLI Podgorica, KK Cibona Zagreb, Lagun Aro GBC, Lokomotiv Kuban Krasnodar, Orleans, Panionios On Telecoms Athens, Rudupis Prienai, s.Oliver Baskets Wuerzburg, Spartak St. Petersburg, Trefl Sopot, Triumph Lyubertsy, Valencia Basket, VAP Kolossos Rhodes y VEF Riga + 7 equipos procedentes de la previa de Euroliga.