Clemente es también además el entrenador de los últimos títulos tan añorados rojiblancos. Con el 'rubio de Barakaldo', el Athletic logró la Liga en la primera temporada, la 82/83, hizo doblete, Copa y Liga en la 83/84, a los que hay que añadir una Supercopa en la temporada 84/85. Después y tras una última campaña (85/86) sin éxito en el Athletic, Clemente se marchó al Espanyol donde estuvo tres temporadas y consiguió un subcampeonato de UEFA.
Pero ya había dejado una 'muesca' importante en la historia rojiblanca al margen de los títulos. Su primer enfrentamiento con un jugador, Manolo Sarabia. Un enfrentamiento en el que finalmente ambos acabaron fuera del Athletic. Primero Sarabia al que Clemente le dejó claro públicamente que no iba a volver a jugar en el Athletic y después el propio entrenador que tras no lograr más éxitos deportivos y con esa herencia adquirida no pudo continuar en el banquillo rojiblanco. 26 años han pasado ya del 'caso Clemente-Sarabia' y aún quedan remordimientos.
Cinco años tuvieron que pasar para que Clemente volviera a coger las riendas del Athletic.Fue en la temporada 90/91 y el 'rubio de Barakaldo' no pudo concluirla porque fue destituido tras la derrota por 2-0 en Castellón en la jornada 26. El Athletic concluyó decimosegundo esa temporada que la terminó Iñaki Sáez en el banquillo. Era la época de los 'mingafrías'. Con ese vocablo se refirió en alguna ocasión Clemente a sus jugadores entre los que estaban Lakabeg, Garitano, Billabona, Eskurza, Larrazabal, Valverde o el actual presidente Josu Urrutia.
La travesía para la tercera etapa de Clemente en el Athletic fue aún más larga, 15 años trascurrieron hasta que la directiva de Lamikiz recurriera al entrenador de Barakaldo para sustituir a José Luis Mendilibar. Esa temporada Clemente logró salvar al Athletic del descenso y dejarlo en mitad de la tabla. Sin embargo, tamién dejó nuevas 'perlas' en el camino. Sus métodos y el trato a jugadores de la primera plantilla como Llorente y Javi Martínez acabó por la hasta la fecha última salida de Clemente del Athletic. Los hoy campeones del Mundo, Llorente al que llamaba contínuamente 'Fernandito' y ninguneba delante de sus compañeros y Javi Martínez a quién despreció desde su llegada al club, marcaron el adiós de Clemente.