Joaquín abandonaba el Real Betis en el verano de 2006 dirección Valencia tras seis años en el primer equipo verdiblanco. Desde entonces, con la camiseta del Málaga e incluso de la Fiorentina, amén de con la valencianista, ha visitado en siete ocasiones el ahora conocido como Benito Villamarín y la gran mayoría de las veces se ha marchado con los tres puntos en el bolsillo; alguna que otra incluso habiendo perforado las mallas béticas.
La campaña de su marcha, el Valencia recibía al Betis en el primer partido del campeonato, pero Joaquín aun pertenecía al conjunto heliopolitano y no defendió ninguno de los dos bandos durante el partido; por lo que hubo que aguardar hasta la segunda vuelta para ver a Joaquín enfrentarse al club que le vio hacerse futbolista. En su primera visita al Benito Villamarín, más conocido por aquel entonces como Estadio Manuel Ruiz de Lopera, tan sólo gozó de ocho minutos de juego y el Valencia se vio superado por 2-1 ante los verdiblancos. Su primer curso en Mestalla fue muy bueno, disputando un total de 43 partidos entre Liga y Champions, logrando cinco goles en el campeonato doméstico.
En la temporada siguiente marcó su primer tanto con la elástica valencianista en el feudo bético. Era la octava jornada y Joaquín hacia el segundo gol del Valencia minutos antes de que Rafael Sóbis acortara distancia por parte de los béticos. En el partido de vuelta, los blanquinegros se impusieron por 3 a 1 en un partido en el que el portuense completó los 90 minutos viendo una cartulina amarilla. Entre ambos choques, Betis y Valencia se vieron las caras en los Octavos de final de Copa del Rey. Los che se impusieron en ambos partidos, siendo el de ida el más doloroso pues Joaquín hizo los dos goles, ambos con la testa, que dieron la victoria al cuadro valenciano. No obstante, su actuación no impidió que fuese ovacionado por un buen sector de la hinchada bética, que se puso en pie cuando fue sustituido a cinco minutos del final. En el partido de vuelta, con idéntico resultado, dispuso de 67 minutos. Aquella temporada, el Valencia acabaría alzándose con el trofeo copero, pero Joaquín, que había participado activamente en todas las rondas anteriores, se quedó en el banquillo en la final disputada ante el Getafe, su verdugo la campaña anterior. También mejoró sus prestaciones, con siete tantos en 49 partidos entre Liga, Champions y Copa.
71 minutos disputó en la victoria por 3-2 en Mestalla el curso posterior, pero fue clave en el envite disputado en el Villamarín. Aquel día, Joaquín saltó al verde en el minuto 55 en detrimento de Pablo Hernández. Con él en el campo, Villa hizo los dos goles que dieron la victoria al Valencia, mientras que Oliveira hizo el tanto bético. Seis ‘chicharros’ logró en su tercera campaña en la capital del Turia repartidos entre Liga, Copa del Rey y UEFA.
Las siguientes dos temporadas el Betis las pasó en el infierno de la Segunda división, a la par que comenzó la decadencia de Joaquín como valencianista. En la primera de ellas, sus participaciones en Liga se vieron reducidas a 28 encuentros en los que hizo dos goles. En Liga Europa participó en 11 partidos, anotando tres tantos; más dos envites en la ronda clasificatoria viendo puerta en una ocasión. Mientras que en Copa del Rey hizo un gol en cuatro partidos. Al año siguiente vivió su última temporada en Valencia. Cuatro goles en 30 partidos en Primera división, y siete asistencias; además de cinco partidos y un gol en Champions.
En 2011, el Betis regresaba a Primera y Joaquín volvía al Villamarín, esta vez con la camiseta del Málaga. El marcador no se movió en todo el partido y Joaquín disputó los 90’. Sin embargo, las lesiones le privaron de disputar el choque en La Rosaleda, el cual vencieron los verdiblancos 0 a 2. La campaña siguiente, el cuadro de la Costa del Sol se impuso por 4-0 en un partido marcado por la pronta expulsión de Casto tras derribar a Eliseu dentro del área. El colegiado indicó la pena máxima y fue el propio Joaquín el encargado de transformarla. Junto a él, otro exbético vestía aquel día la elástica malaguista, Santa Cruz. Por su parte, en el partido disputado en el Villamarín los papeles se intercambiaron totalmente y fue el Betis quien se llevó la victoria por 3-0, con sendos goles antes del tiempo de descanso. Joaquín disputó los 90’ y el ahora bético Portillo también completó el partido por el lado malaguista.
Tras su periplo en el Málaga, Joaquín hizo las maletas y puso rumbo a Italia para fichar por la Fiorentina, donde ha vivido las dos últimas temporadas. Con la zamarra del cuadro viola ha disputado un total de 71 partidos en los que ha visto puerta en siete ocasiones, amén de haber concedido 13 asistencias. También visito el Villamarín con el conjunto toscano. Ocurrió hace dos pretemporadas en un partido en el que los italianos se impusieron por 1 a 2. Aquel día, el extremo portuense, a quien sustituyó Cuadrado, autor del gol que dio la victoria a la Fiorentina; participó activamente en el juego, con ganas de reivindicar su clase ante la que nunca dejó de ser su afición, pero fue el peruano Vargas, otro de las incorporaciones del Betis en la recién comenzado curso, el que vio puerta y adelantó a su entonces equipo en el electrónico.
Todo ello tuvo lugar el 11 de agosto de 2014. Fue la última vez que Joaquín piso el césped del Benito Villamarín con una camiseta diferente a la verdiblanca, y como prácticamente siempre que lo ha hecho desde que abandonara el Betis, recibió una sentida ovación por parte del beticismo. Horas después de su presentación, la siempre fiel hinchada verdiblanca se congregó para ofecerle el recibimiento que se merece, una ovación sin precedentes; y lo que es más, la afición confía ciegamente en que no será la última que se llevará a lo largo de esta temporada.