Cuenta la leyenda que Rubén y Javier Baraja nunca han coincidido sobre un terreno de juego en partido oficial cuando ambos estaban en activo. Si no era una lesión, era una decisión técnica, pero de alguna forma siempre se evitaba la coincidencia. El duelo que no se vivió sobre el césped se vivirá en los banquillos, aunque también tendrá su matiz, y es que Javi Baraja acostumbra a ver los encuentros desde la zona de prensa para realizar diferentes análisis.
De hecho, el cargo oficial de Javi Baraja en el cuerpo técnico de Miguel Ángel Portugal es el de "asistente", puesto que asumió con la llegada del burgalés tras ser destituido Gaizka Garitano. De hecho, la llamada le llegó mientras pasaba unos días en Elche, tomando nota del trabajo de su hermano Rubén en los entrenamientos del conjunto ilicitano. Javier había jugado su último partido con el Real Valladolid en la temporada del último descenso, la 2013-2014, curso que disputó un total de 12 partidos. Rubén Baraja es el primer entrenador del Elche desde comienzos de curso. Fue la opción elegida para encabezar el proyecto tras el descenso administrativo y, hasta la fecha, ha cumplido con creces.
La cuestión es que los hermanos Baraja nunca coincidieron como jugadores. Sí en convocatorias, pero nunca sobre el césped. Durante muchos años por estar en diferentes categorías. Después, cuando Rubén Baraja alcanzaba una edad avanzada para la práctica profesional del fútbol, se dieron varias circunstancias que evitaron verles a la vez.
En octubre de 2008 fue cuando más cerca estuvieron. Se enfrentaban en Zorrilla el Pucela de Mendilíbar y el Valencia de Emery. Javi Baraja fue titular en el centro de la defensa y el Pipo aguardaba en el banquillo por unos problemas físicos, hasta que salió a calentar. Cuando parecía que llegaría el momento, y con una diferencia de dos minutos, Mendilíbar retiró a Javier y Emery optó por sacar a Rubén. En la segunda vuelta, Javi Baraja no estuvo en la convocatoria.
La temporada siguiente tampoco hubo suerte. El duelo de la primera vuelta entre Pucela y Valencia fue también pronto, en el mes de septiembre, pero Rubén estaba lesionado y no pudo jugar. Javi, en cambio, fue titular. La última oportunidad llegó en Mestalla con Onésimo como entrenador. Y aquel día se cambiaron las tornas, para variar: Pipo Baraja fue titular y Javi no se movió del banquillo.