Víctor Fernández vuelve a su casa 11 años después de su última aventura en el banquillo zaragocista y tendrá el reto complicado de salvar al equipo que ahora mismo se encuentra en puestos de descenso a Segunda B.
El técnico zaragozano afrontaría así su tercera etapa en el club aragonés. Su primera aventura en el equipo zaragocista duró seis campañas, desde la 1990-1991 a la 1996-1997. En su primer año, subió del filial zaragocista haciéndose cargo del primer equipo y logró mantener la categoría tras jugar una dramática promoción contra el Murcia.
En la temporada siguiente, en la 1991-1992 se convirtió en uno de los entrenadores más jóvenes y con proyección de Primera división y el conjunto blanquillo acabo sexto consiguiendo una plaza para la Copa de la UEFA. Pero sus dos mejores temporadas dirigiendo al equipo aragonés serían las dos siguientes.
En la temporada 1993-1994, el Real Zaragoza acabó tercero en la tabla, además de conseguir la Copa del Rey en una final agónica en los penaltis frente al Celta de Vigo. Y en 1995, el Real Zaragoza consiguió el titulo más importante de su historia, la Recopa de Europa frente al Arsenal 2-1, con el mítico gol de Nayim.
En 1996, tras una mala racha de resultados fue destituido y pasaría por varios equipos (Tenerife, Celta de Vigo, Betis y Oporto). En junio de 2006 volvió a la entidad blanquilla, con Agapito Iglesias de presidente. En la primera campaña, se consiguió la plaza para puestos europeos. Pero al año siguiente el Real Zaragoza destituiría a Víctor Fernández a mitad de temporada y el equipo descendería a Segunda división.
Además de su paso por el Real Zaragoza, el técnico zaragozano en su última etapa entrenó al Betis, KAA Gent y por último al Deportivo de La Coruña en 2014. Su último cargo fue el de director de la cantera del Real Madrid.