Tras cuatro años en el Villarreal, desde 2013 a 2016 y después de haber estado sin entrenar en la campaña 2016-2017, Marcelino se incorporó al principio de esta temporada al Valencia.
Se han dado casos de técnicos que han dirigido a los dos equipos, como el de Francisco García Gómez "Paquito", que dirigió al Valencia en la 83-84 y al Villarreal en la 2003-2004, pero sin vivir el choque desde los dos banquillos, mientras que Fran Escribá sí que estuvo en ambos, pero en el Valencia como segundo entrenador.
Le ha ganado tres veces al Valencia como groguet
Marcelino ha dirigido seis veces al Villarreal contra el Valencia, con un balance de tres victorias, dos derrotas y un empate.
Entre las victorias destacan el 4-1 en el estadio de La Cerámica de la campaña 2013-2014, así como la posterior victoria en Mestalla por 0-2 que clasificó a su equipo para la Liga Europa. Entre las derrotas, la más señalada fue el 1-3 en Villarreal de la campaña 14-15.