Superado el disgusto del descenso, el Valencia CF terminó por forjar en la década de los 90 su espíritu indomable que le permitiría asomarse al Olimpo de los dioses europeos en el último año de la década y en el primero de la temporada siguiente, cuando el equipo alcanzó dos finales de Champions League consecutivas. De cómo se formó ese Valencia que dominó el Viejo Continente versa la octava entrega de los imprescindibles del Centenario, un repaso sintético a la última década del siglo pasado.
El Valencia CF vivió una época gloriosa en los 90, década en la que logró la Copa del Rey, la Supercopa y llegar a la final de la Champions. La llegada de Hiddink al banquillo, el bloque de valencianos y la aparición estelar de Lubo Penev y Pedja Mijatovic propició que el Valencia de los primeros 90 fuera un equipo que siempre jugó en Europa, y que practicó un fútbol de muchos quilates.
De un plumazo aquel Valencia CF desaparecería ante el Karlruher, la peor derrota europea de la historia del Valencia. Gracias a ella, llegó Francisco Roig Alfonso a la presidencia del club valencianista. Su brío revolucionó el club los cuatro años que estuvo al frente de la entidad, antes de que los malos resultados le forzaran a dimitir. Un segundo puesto de la mano de Luis Aragonés en la 95-96 fue el mejor bagaje de los primeros 90. Mijatovic, con 28 goles, era la estrella amada del Valencia hasta que ese verano se marchó al Real Madrid, después de haberlo negado ante las peñas. La afición jamás se lo perdonó.
Al margen del montenegrino, i la aparición de entrenadores como Parreira, campeón del Mundo, o Valdano y jugadores como Romario y Salenko, pudieron evitar la debacle de la época de Roig.
El final de la década iría in crescendo. Así, en la 98-99, con Pedro Cortés como presidente y Ranieri como técnico, el Valencia CF logró coronarse como campeón de la Copa del Rey por sexta vez en su historia. El equipo eliminó a Real Madrid, Barcelona y, tras una inolvidable final ante el Atlético de Madrid, se coronó en Sevilla al son del "Probe Miguel".
Aquel Valencia era el de los Piojo, Mendieta, Carboni, Angloma, Farinós, Milla, Cañizares, Angulo, Djukic, Roche, Björklund o Luis Milla.
El choque en la finalísima del torneo del K.O. del año 1999 dejó para el imaginario colectivo grandes imágenes, sobre todo, en las acciones que significaron los goles del conjunto dirigido por Claudio Ranieri. Claudio López en dos ocasiones, y Gaizka Mendieta desataron la locura entre los miles de aficionaron que se volcaron con el equipo y se desplazaron hasta la capital andaluza para presenciar la final de campeonato.
Aquella Copa del Rey puso la bases de un Valencia CF campeón. La temporada siguiente, ya con Héctor Cúper en el banquillo, el Valencia logró la Supercopa de España, al derrotar en la final al FC Barcelona, y la clasificación para su primera final de la Liga de Campeones de Europa, que perdió ante el Real Madrid en París.
Por primera vez en la historia un equipo lograba ser finalista en la temporada de su debut en la Champions.
Aunque deportivamente el Valencia CF funcionó a la perfección en esta década, la transformación en Sociedad Anónima Deportiva en 1992 cambiaría radicalmente el presente y el futuro de la entidad para siempre. Las guerras accionariales empezaron casi desde el principio y desembocarían en un Valencia arruinado, en crisis, dos décadas después, abocado a un concurso de acreedores que se solventó con una venta forzosa al mejor postor, que fue Peter Lim, máximo accionista desde 2014.
Al margen de este movimiento social, en 1992 se inauguraría la Ciudad Deportiva de Paterna. Ese mismo año, el estadio sería una de las sedes de los Juegos Olímpicos de Barcelona.
En 1994, ya con Paco Roig como presidente, el estadio abandonaría el nombre de Luis Casanova para denominarse Mestalla. Con Pedro Cortés se finalizaría entre 1998 y 2001 la última ampliación, proyecto del anterior presidente -Roig- mediante la cual se añadieron tres nuevas gradas a la grada norte, la grada sur y la grada central. Finalmente el aforo quedó fijado en 53.900, de los cuales solo pueden usarse unos 49.500 porque casi diez años más tarde estas obras fueron declaradas ilegales por el Tribunal Supremo de España, con orden de derribo suspendida cautelarmente, entre otras cosas porque el Valencia iba a cambiarse de estadio, cosa que aún no ha hecho.
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