En el año 2009, Aketxe llegó a debutar con el Athletic, aunque sólo fueron un total de 11 minutos en Primera División. Las notables ausencias que tenían los leones en la delantera, a final de temporada, y la carga de partidos le hicieron al joven delantero del Bilbao Athletic subir al primer equipo, entrenado por Joaquín Caparrós, ante el Villarreal de Manuel Pellegrini. Los bilbaínos ganaron 3-2, asumiendo ese día una gran responsabilidad ante un equipo puntero de la Liga.
Por su parte, José María Arrizabalabaga, de la comisión deportiva eibartarra, destacaba también que "tratamos de recuperar aquella característica de dar una oportunidad al mejor jugador de la Tercera División, de primar su juventud, cosa que se había perdido también". Igualmente destacaba sobre las características del propio Isaac Aketxe que "tiene un buen manejo de las dos piernas, es sub 23. Y es un perfil que el Eibar tiene que tener controlado, de pelea y trabajo" apunta Arrizabalaga.